R: курс молодого биоинформатика

Аннотация

Курс предназначен для людей, имеющих базовые навыки программирования и желающих освоить статистический пакет R для занятия биоинформатикой. Курс включает в себя знакомство с синтаксисом, графикой, базовыми статистическими тестами в R, а также работу с наиболее распространенными биоинформатическими пакетами (edgeR, gostat, etc).

Программа

Курс идет по средам в 19.00 в ИППИ, 615 ауд.

1. Введение: R - это просто
Презентация
Видео
2. Типы данных, синтаксис: R - это сложно
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
3. Условные выражения, циклы, функции - как везде
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
4. Базовая графика: R - это красиво
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
5. Контрольная
6. Статистика в R - это полезно
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Файл к домашнему заданию
7. Линейные модели - это умно
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4
Файл к домашнему заданию

8. Анализ дифференциальной экспрессии
Презентация
Видео

9. Разбор полетов и ответы на вопросы
Видео

10. Кластеризация
Презентация
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3
Видео ч.4

11. В R еще есть куча всего полезного
Примеры кода
Видео ч.1
Видео ч.2
Видео ч.3

12. Контрольная

Каждое занятие будет включать в себя лекцию и практическое задание, за которое можно получить (или не получить) один балл. Еще один балл можно будет получить за домашнюю работу, которая будет задаваться на каждом задании. На контрольной работе будут предложены задания различной сложности от 4 до 9 баллов, каждый студент может сдать только одну задачу. Итого максимально возможный балл — 36.

Практические задания можно сдать только в ходе занятия. Решение домашнего задания необходимо прислать на почту преподавателю (r.hw.16.bs@gmail.com) до 23:59 первого понедельника после занятия, на котором было дано задание.

Литература

google.com

Преподаватель

Павел Мазин

Выпускник ФББ МГУ, младший научный сотрудник в Сколтехе. Специалист по анализу RNA-Seq данных. email: r.hw.16.bs@gmail.com (для домашних заданий), iaa.aka@gmail.com

Большой Каретный переулок, 19, ИППИ РАН,
м. Цветной Бульвар

hello@bioinfschool.ru

Реквизиты

Некоммерческое партнерство содействия развитию биоинформатики «Биоинформатический семинар»
Адрес: 119269 г.Москва ул.Вавилова д.60/1 офис 19
ИНН \ КПП 7716450074 \ 773601001
ОГРН 1117799008030
ОКПО \ ОКАТО 91570039 \ 45293558000
Банк: ОАО «Сбербанк России» г. Москва
Расчетный счет 40703810938110001685
БИК 044525225
Кор. счет 30101810400000000225